Journal Article

DKFZ-2019-00819

http://join2-wiki.gsi.de/foswiki/pub/Main/Artwork/join2_logo100x88.png Genome-wide association study of germline variants and breast cancer-specific mortality.

Escala-Garcia, M. ; Guo, Q. ; Dörk, T. ; Canisius, S. ; Keeman, R. ; Dennis, J. ; Beesley, J. ; Lecarpentier, J. ; Bolla, M. K. ; Wang, Q. ; Abraham, J. ; Andrulis, I. L. ; Anton-Culver, H. ; Arndt, V.DKFZ* ; Auer, P. L. ; Beckmann, M. W. ; Behrens, S.DKFZ* ; Benitez, J. ; Bermisheva, M. ; Bernstein, L. ; Blomqvist, C. ; Boeckx, B. ; Bojesen, S. E. ; Bonanni, B. ; Børresen-Dale, A.-L. ; Brauch, H.DKFZ* ; Brenner, H.DKFZ* ; Brentnall, A. ; Brinton, L. ; Broberg, P. ; Brock, I. W. ; Brucker, S. Y. ; Burwinkel, B.DKFZ* ; Caldas, C. ; Caldés, T. ; Campa, D. ; Canzian, F.DKFZ* ; Carracedo, A. ; Carter, B. D. ; Castelao, J. E. ; Chang-Claude, J.DKFZ* ; Chanock, S. J. ; Chenevix-Trench, G. ; Cheng, T. D. ; Chin, S.-F. ; Clarke, C. L. ; NBCS Collaborators (Collaboration Author) ; Cordina-Duverger, E. ; Couch, F. J. ; Cox, D. G. ; Cox, A. ; Cross, S. S. ; Czene, K. ; Daly, M. B. ; Devilee, P. ; Dunn, J. A. ; Dunning, A. M. ; Durcan, L. ; Dwek, M. ; Earl, H. M. ; Ekici, A. B. ; Eliassen, A. H. ; Ellberg, C. ; Engel, C. ; Eriksson, M. ; Evans, D. G. ; Figueroa, J. ; Flesch-Janys, D. ; Flyger, H. ; Gabrielson, M. ; Gago-Dominguez, M. ; Galle, E. ; Gapstur, S. M. ; García-Closas, M. ; García-Sáenz, J. A. ; Gaudet, M. M. ; George, A. ; Georgoulias, V. ; Giles, G. G. ; Glendon, G. ; Goldgar, D. E. ; González-Neira, A. ; Alnæs, G. I. G. ; Grip, M. ; Guénel, P. ; Haeberle, L. ; Hahnen, E. ; Haiman, C. A. ; Håkansson, N. ; Hall, P. ; Hamann, U.DKFZ* ; Hankinson, S. ; Harkness, E. F. ; Harrington, P. A. ; Hart, S. N. ; Hartikainen, J. M. ; Hein, A. ; Hillemanns, P. ; Hiller, L. ; Holleczek, B. ; Hollestelle, A. ; Hooning, M. J. ; Hoover, R. N. ; Hopper, J. L. ; Howell, A. ; Huang, G.DKFZ* ; Humphreys, K. ; Hunter, D. J. ; Janni, W. ; John, E. M. ; Jones, M. E. ; Jukkola-Vuorinen, A. ; Jung, A.DKFZ* ; Kaaks, R.DKFZ* ; Kabisch, M. ; Kaczmarek, K. ; Kerin, M. J. ; Khan, S. ; Khusnutdinova, E. ; Kiiski, J. I. ; Kitahara, C. M. ; Knight, J. A. ; Ko, Y.-D. ; Koppert, L. B. ; Kosma, V.-M. ; Kraft, P. ; Kristensen, V. N. ; Krüger, U. ; Kühl, T. ; Lambrechts, D. ; Le Marchand, L. ; Lee, E. ; Lejbkowicz, F. ; Li, L. ; Lindblom, A. ; Lindström, S. ; Linet, M. ; Lissowska, J. ; Lo, W.-Y. ; Loibl, S. ; Lubiński, J. ; Lux, M. P. ; MacInnis, R. J. ; Maierthaler, M.DKFZ* ; Maishman, T. ; Makalic, E. ; Mannermaa, A. ; Manoochehri, M. ; Manoukian, S. ; Margolin, S. ; Martinez, M. E. ; Mavroudis, D. ; McLean, C. ; Meindl, A. ; Middha, P.DKFZ* ; Miller, N. ; Milne, R. L. ; Moreno, F. ; Mulligan, A. M. ; Mulot, C. ; Nassir, R. ; Neuhausen, S. L. ; Newman, W. T. ; Nielsen, S. F. ; Nordestgaard, B. G. ; Norman, A. ; Olsson, H. ; Orr, N. ; Pankratz, V. S. ; Park-Simon, T.-W. ; Perez, J. I. A. ; Pérez-Barrios, C. ; Peterlongo, P. ; Petridis, C. ; Pinchev, M. ; Prajzendanc, K. ; Prentice, R. ; Presneau, N. ; Prokofieva, D. ; Pylkäs, K. ; Rack, B. ; Radice, P. ; Ramachandran, D. ; Rennert, G. ; Rennert, H. S. ; Rhenius, V. ; Romero, A. ; Roylance, R. ; Saloustros, E. ; Sawyer, E. J. ; Schmidt, D. F. ; Schmutzler, R. K. ; Schneeweiss, A. ; Schoemaker, M. J. ; Schumacher, F. ; Schwentner, L. ; Scott, R. J. ; Scott, C. ; Seynaeve, C. ; Shah, M. ; Simard, J. ; Smeets, A. ; Sohn, C. ; Southey, M. C. ; Swerdlow, A. J. ; Talhouk, A. ; Tamimi, R. M. ; Tapper, W. J. ; Teixeira, M. R. ; Tengström, M. ; Terry, M. B. ; Thöne, K. ; Tollenaar, R. A. E. M. ; Tomlinson, I. ; Torres, D. ; Truong, T. ; Turman, C. ; Turnbull, C. ; Ulmer, H.-U. ; Untch, M. ; Vachon, C. ; van Asperen, C. J. ; van den Ouweland, A. M. W. ; van Veen, E. M. ; Wendt, C. ; Whittemore, A. S. ; Willett, W. ; Winqvist, R. ; Wolk, A. ; Yang, X. R. ; Zhang, Y.DKFZ* ; Easton, D. F. ; Fasching, P. A. ; Nevanlinna, H. ; Eccles, D. M. ; Pharoah, P. D. P. ; Schmidt, M. K.

2019
Nature Publ. Group Edinburgh

This record in other databases:  

Please use a persistent id in citations: doi:10.1038/s41416-019-0393-x

Abstract: We examined the associations between germline variants and breast cancer mortality using a large meta-analysis of women of European ancestry.Meta-analyses included summary estimates based on Cox models of twelve datasets using ~10.4 million variants for 96,661 women with breast cancer and 7697 events (breast cancer-specific deaths). Oestrogen receptor (ER)-specific analyses were based on 64,171 ER-positive (4116) and 16,172 ER-negative (2125) patients. We evaluated the probability of a signal to be a true positive using the Bayesian false discovery probability (BFDP).We did not find any variant associated with breast cancer-specific mortality at P < 5 × 10-8. For ER-positive disease, the most significantly associated variant was chr7:rs4717568 (BFDP = 7%, P = 1.28 × 10-7, hazard ratio [HR] = 0.88, 95% confidence interval [CI] = 0.84-0.92); the closest gene is AUTS2. For ER-negative disease, the most significant variant was chr7:rs67918676 (BFDP = 11%, P = 1.38 × 10-7, HR = 1.27, 95% CI = 1.16-1.39); located within a long intergenic non-coding RNA gene (AC004009.3), close to the HOXA gene cluster.We uncovered germline variants on chromosome 7 at BFDP < 15% close to genes for which there is biological evidence related to breast cancer outcome. However, the paucity of variants associated with mortality at genome-wide significance underpins the challenge in providing genetic-based individualised prognostic information for breast cancer patients.

---

Contributing Institute(s):

1. Klinische Epidemiologie und Alternsforschung (C070)
2. Epidemiologie von Krebserkrankungen (C020)
3. Molekulare Epidemiologie (C080)
4. Genomische Epidemiologie (C055)
5. Molekulargenetik des Mammakarzinoms (B072)
6. DKTK Heidelberg (L101)
7. DKTK Tübingen (L801)

Research Program(s):

1. 319H - Addenda (POF3-319H) (POF3-319H)

Appears in the scientific report 2019

---

Database coverage:
; BIOSIS Previews ; Clarivate Analytics Master Journal List ; Current Contents - Clinical Medicine ; Current Contents - Life Sciences ; Ebsco Academic Search ; IF >= 5 ; JCR ; NCBI Molecular Biology Database ; PubMed Central ; SCOPUS ; Science Citation Index ; Science Citation Index Expanded ; Web of Science Core Collection

---