Journal Article

DKFZ-2022-01665

http://join2-wiki.gsi.de/foswiki/pub/Main/Artwork/join2_logo100x88.png Mobile DNA in cancer. Extensive transduction of nonrepetitive DNA mediated by L1 retrotransposition in cancer genomes.

Tubio, J. M. C. ; Li, Y. ; Ju, Y. S. ; Martincorena, I. ; Cooke, S. L. ; Tojo, M. ; Gundem, G. ; Pipinikas, C. P. ; Zamora, J. ; Raine, K. ; Menzies, A. ; Roman-Garcia, P. ; Fullam, A. ; Gerstung, M.Extern* ; Shlien, A. ; Tarpey, P. S. ; Papaemmanuil, E. ; Knappskog, S. ; Van Loo, P. ; Ramakrishna, M. ; Davies, H. R. ; Marshall, J. ; Wedge, D. C. ; Teague, J. W. ; Butler, A. P. ; Nik-Zainal, S. ; Alexandrov, L. ; Behjati, S. ; Yates, L. R. ; Bolli, N. ; Mudie, L. ; Hardy, C. ; Martin, S. ; McLaren, S. ; O'Meara, S. ; Anderson, E. ; Maddison, M. ; Gamble, S. ; Foster, C. ; Warren, A. Y. ; Whitaker, H. ; Brewer, D. ; Eeles, R. ; Cooper, C. ; Neal, D. ; Lynch, A. G. ; Visakorpi, T. ; Isaacs, W. B. ; Veer, L. V. ; Caldas, C. ; Desmedt, C. ; Sotiriou, C. ; Aparicio, S. ; Foekens, J. A. ; Eyfjörd, J. E. ; Lakhani, S. R. ; Thomas, G. ; Myklebost, O. ; Span, P. N. ; Børresen-Dale, A.-L. ; Richardson, A. L. ; Van de Vijver, M. ; Vincent-Salomon, A. ; Van den Eynden, G. G. ; Flanagan, A. M. ; Futreal, P. A. ; Janes, S. M. ; Bova, G. S. ; Stratton, M. R. ; McDermott, U. ; Campbell, P. J. ; Group, I. B. C. (Collaboration Author) ; Group, I. B. C. (Collaboration Author) ; Group, I. P. C. (Collaboration Author) ; Provenzano, E. ; van de Vijver, M. ; Richardson, A. L. ; Purdie, C. ; Pinder, S. ; MacGrogan, G. ; Vincent-Salomon, A. ; Larsimont, D. ; Grabau, D. ; Sauer, T. ; Garred, Ø. ; Ehinger, A. ; Van den Eynden, G. G. ; van Deurzen, C. H. M. ; Salgado, R. ; Brock, J. E. ; Lakhani, S. R. ; Giri, D. D. ; Arnould, L. ; Jacquemier, J. ; Treilleux, I. ; Caldas, C. ; Chin, S.-F. ; Fatima, A. ; Thompson, A. M. ; Stenhouse, A. ; Foekens, J. ; Martens, J. ; Sieuwerts, A. ; Brinkman, A. ; Stunnenberg, H. ; Span, P. N. ; Sweep, F. ; Desmedt, C. ; Sotiriou, C. ; Thomas, G. ; Broeks, A. ; Langerod, A. ; Aparicio, S. ; Simpson, P. ; van 't Veer, L. ; Eyfjörd, J. E. ; Hilmarsdottir, H. ; Jonasson, J. G. ; Børresen-Dale, A.-L. ; Lee, M. T. M. ; Wong, B. H. ; Tan, B. K. T. ; Hooijer, G. K. J. ; Cooper, C. ; Eeles, R. ; Wedge, D. ; Van Loo, P. ; Gundem, G. ; Alexandrov, L. ; Kremeyer, B. ; Butler, A. ; Lynch, A. ; Edwards, S. ; Camacho, N. ; Massie, C. ; Kote-Jarai, Z. ; Dennis, N. ; Merson, S. ; Zamora, J. ; Kay, J. ; Corbishley, C. ; Thomas, S. ; Nik-Zainai, S. ; O'Meara, S. ; Matthews, L. ; Clark, J. ; Hurst, R. ; Mithen, R. ; Cooke, S. ; Raine, K. ; Jones, D. ; Menzies, A. ; Stebbings, L. ; Hinton, J. ; Teague, J. ; McLaren, S. ; Mudie, L. ; Hardy, C. ; Anderson, E. ; Joseph, O. ; Goody, V. ; Robinson, B. ; Maddison, M. ; Gamble, S. ; Greenman, C. ; Berney, D. ; Hazell, S. ; Livni, N. ; Fisher, C. ; Ogden, C. ; Kumar, P. ; Thompson, A. ; Woodhouse, C. ; Nicol, D. ; Mayer, E. ; Dudderidge, T. ; Shah, N. ; Gnanapragasam, V. ; Campbell, P. ; Futreal, A. ; Easton, D. ; Warren, A. Y. ; Foster, C. ; Stratton, M. ; Whitaker, H. ; McDermott, U. ; Brewer, D. ; Neal, D.

2014
Assoc. Washington, DC

Abstract: Long interspersed nuclear element-1 (L1) retrotransposons are mobile repetitive elements that are abundant in the human genome. L1 elements propagate through RNA intermediates. In the germ line, neighboring, nonrepetitive sequences are occasionally mobilized by the L1 machinery, a process called 3' transduction. Because 3' transductions are potentially mutagenic, we explored the extent to which they occur somatically during tumorigenesis. Studying cancer genomes from 244 patients, we found that tumors from 53% of the patients had somatic retrotranspositions, of which 24% were 3' transductions. Fingerprinting of donor L1s revealed that a handful of source L1 elements in a tumor can spawn from tens to hundreds of 3' transductions, which can themselves seed further retrotranspositions. The activity of individual L1 elements fluctuated during tumor evolution and correlated with L1 promoter hypomethylation. The 3' transductions disseminated genes, exons, and regulatory elements to new locations, most often to heterochromatic regions of the genome.

Keyword(s): Carcinogenesis: genetics (MeSH) ; Chromatin: chemistry (MeSH) ; DNA Transposable Elements (MeSH) ; Exons (MeSH) ; Genome, Human (MeSH) ; Humans (MeSH) ; Long Interspersed Nucleotide Elements (MeSH) ; Mutagenesis, Insertional (MeSH) ; Neoplasms: genetics (MeSH) ; Transduction, Genetic (MeSH) ; Translocation, Genetic (MeSH) ; Chromatin ; DNA Transposable Elements

Note: ISSN 1095-9203 not unique: **3 hits**.

---

---

Database coverage:
; BIOSIS Previews ; Biological Abstracts ; Chemical Reactions ; Clarivate Analytics Master Journal List ; Current Contents - Agriculture, Biology and Environmental Sciences ; Current Contents - Life Sciences ; Current Contents - Physical, Chemical and Earth Sciences ; Ebsco Academic Search ; Essential Science Indicators ; IF >= 40 ; Index Chemicus ; JCR ; SCOPUS ; Science Citation Index Expanded ; Web of Science Core Collection ; Zoological Record

---