Journal Article

DKFZ-2018-00723

http://join2-wiki.gsi.de/foswiki/pub/Main/Artwork/join2_logo100x88.png Fine-mapping of prostate cancer susceptibility loci in a large meta-analysis identifies candidate causal variants.

Dadaev, T. ; Saunders, E. J. ; Newcombe, P. J. ; Anokian, E. ; Leongamornlert, D. A. ; Brook, M. N. ; Cieza-Borrella, C. ; Mijuskovic, M. ; Wakerell, S. ; Olama, A. A. A. ; Schumacher, F. R. ; Berndt, S. I. ; Benlloch, S. ; Ahmed, M. ; Goh, C. ; Sheng, X. ; Zhang, Z. ; Muir, K. ; Govindasami, K. ; Lophatananon, A. ; Stevens, V. L. ; Gapstur, S. M. ; Carter, B. D. ; Tangen, C. M. ; Goodman, P. ; Thompson, I. M. ; Batra, J. ; Chambers, S. ; Moya, L. ; Clements, J. ; Horvath, L. ; Tilley, W. ; Risbridger, G. ; Gronberg, H. ; Aly, M. ; Nordström, T. ; Pharoah, P. ; Pashayan, N. ; Schleutker, J. ; Tammela, T. L. J. ; Sipeky, C. ; Auvinen, A. ; Albanes, D. ; Weinstein, S. ; Wolk, A. ; Hakansson, N. ; West, C. ; Dunning, A. M. ; Burnet, N. ; Mucci, L. ; Giovannucci, E. ; Andriole, G. ; Cussenot, O. ; Cancel-Tassin, G. ; Koutros, S. ; Freeman, L. E. B. ; Sorensen, K. D. ; Orntoft, T. F. ; Borre, M. ; Maehle, L. ; Grindedal, E. M. ; Neal, D. E. ; Donovan, J. L. ; Hamdy, F. C. ; Martin, R. M. ; Travis, R. C. ; Key, T. J. ; Hamilton, R. J. ; Fleshner, N. E. ; Finelli, A. ; Ingles, S. A. ; Stern, M. C. ; Rosenstein, B. ; Kerns, S. ; Ostrer, H. ; Lu, Y.-J. ; Zhang, H.-W. ; Feng, N. ; Mao, X. ; Guo, X. ; Wang, G. ; Sun, Z. ; Giles, G. G. ; Southey, M. C. ; MacInnis, R. J. ; FitzGerald, L. M. ; Kibel, A. S. ; Drake, B. F. ; Vega, A. ; Gómez-Caamaño, A. ; Fachal, L. ; Szulkin, R. ; Eklund, M. ; Kogevinas, M. ; Llorca, J. ; Castaño-Vinyals, G. ; Penney, K. L. ; Stampfer, M. ; Park, J. Y. ; Sellers, T. A. ; Lin, H.-Y. ; Stanford, J. L. ; Cybulski, C. ; Wokolorczyk, D. ; Lubinski, J. ; Ostrander, E. A. ; Geybels, M. S. ; Nordestgaard, B. G. ; Nielsen, S. F. ; Weisher, M. ; Bisbjerg, R. ; Røder, M. A. ; Iversen, P. ; Brenner, H.DKFZ* ; Cuk, K.DKFZ* ; Holleczek, B. ; Maier, C. ; Luedeke, M. ; Schnoeller, T. ; Kim, J. ; Logothetis, C. J. ; John, E. M. ; Teixeira, M. R. ; Paulo, P. ; Cardoso, M. ; Neuhausen, S. L. ; Steele, L. ; Ding, Y. C. ; De Ruyck, K. ; De Meerleer, G. ; Ost, P. ; Razack, A. ; Lim, J. ; Teo, S.-H. ; Lin, D. W. ; Newcomb, L. F. ; Lessel, D. ; Gamulin, M. ; Kulis, T. ; Kaneva, R. ; Usmani, N. ; Slavov, C. ; Mitev, V. ; Parliament, M. ; Singhal, S. ; Claessens, F. ; Joniau, S. ; Van den Broeck, T. ; Larkin, S. ; Townsend, P. A. ; Aukim-Hastie, C. ; Gago-Dominguez, M. ; Castelao, J. E. ; Martinez, M. E. ; Roobol, M. J. ; Jenster, G. ; van Schaik, R. H. N. ; Menegaux, F. ; Truong, T. ; Koudou, Y. A. ; Xu, J. ; Khaw, K.-T. ; Cannon-Albright, L. ; Pandha, H. ; Michael, A. ; Kierzek, A. ; Thibodeau, S. N. ; McDonnell, S. K. ; Schaid, D. J. ; Lindstrom, S. ; Turman, C. ; Ma, J. ; Hunter, D. J. ; Riboli, E. ; Siddiq, A. ; Canzian, F.DKFZ* ; Kolonel, L. N. ; Le Marchand, L. ; Hoover, R. N. ; Machiela, M. J. ; Kraft, P. ; PRACTICAL (Collaboration Author) ; Freedman, M. ; Wiklund, F. ; Chanock, S. ; Henderson, B. E. ; Easton, D. F. ; Haiman, C. A. ; Eeles, R. A. ; Conti, D. V. ; Kote-Jarai, Z. ; Cook, M. ; Thwaites, A. ; Guy, M. ; Whitmore, I. ; Morgan, A. ; Fisher, C. ; Hazel, S. ; Livni, N. ; Spurdle, A. ; Srinivasan, S. ; Kedda, M.-A. ; Aitken, J. ; Gardiner, R. ; Hayes, V. ; Butler, L. ; Taylor, R. ; Yeadon, T. ; Eckert, A. ; Saunders, P. ; Haynes, A.-M. ; Papargiris, M. ; Kujala, P. ; Talala, K. ; Murtola, T. ; Taari, K. ; Dearnaley, D. ; Barnett, G. ; Bentzen, S. ; Elliott, R. ; Ranu, H. ; Hicks, B. ; Vogt, A. ; Hutchinson, A. ; Cox, A. ; Davis, M. ; Brown, P. ; George, A. ; Marsden, G. ; Lane, A. ; Lewis, S. J. ; Berry, C. ; Kulkarni, G. S. ; Toi, A. ; Evans, A. ; Zlotta, A. R. ; van der Kwast, T. H. ; Imai, T. ; Saito, S. ; Marzec, J. ; Cao, G. ; Lin, J. ; Ling, J. ; Li, M. ; Zhao, S.-C. ; Ren, G. ; Yu, Y. ; Wu, Y. ; Wu, J. ; Zhou, B. ; Zhang, Y. ; Li, J. ; He, W. ; Guo, J. ; Pedersen, J. ; Hopper, J. L. ; Milne, R. ; Klim, A. ; Carballo, A. ; Lobato-Busto, R. ; Peleteiro, P. ; Calvo, P. ; Aguado, M. ; Ruiz-Dominguez, J. M. ; Cecchini, L. ; Mengual, L. ; Alcaraz, A. ; Bustamante, M. ; Gracia-Lavedan, E. ; Dierssen-Sotos, T. ; Gomez-Acebo, I. ; Pow-Sang, J. ; Park, H. ; Zachariah, B. ; Kluzniak, W. ; Kolb, S. ; Klarskov, P. ; Stegmaier, C. ; Vogel, W. ; Herkommer, K. ; Bohnert, P. ; Maia, S. ; Silva, M. P. ; De Langhe, S. ; Thierens, H. ; Tan, M. H. ; Ong, A. T. ; Kastelan, Z. ; Popov, E. ; Kachakova, D. ; Mitkova, A. ; Vlahova, A. ; Dikov, T. ; Christova, S. ; Carracedo, A. ; Bangma, C. ; Schroder, F. H. ; Cenee, S. ; Tretarre, B. ; Rebillard, X. ; Mulot, C. ; Sanchez, M. ; Adolfsson, J. ; Stattin, P. ; Johansson, J.-E. ; Cavalli-Bjoerkman, C. ; Karlsson, A. ; Broms, M. ; Wu, H. ; Tillmans, L. ; Riska, S.

2018
Nature Publishing Group London

This record in other databases:  

Please use a persistent id in citations: doi:10.1038/s41467-018-04109-8

Abstract: Prostate cancer is a polygenic disease with a large heritable component. A number of common, low-penetrance prostate cancer risk loci have been identified through GWAS. Here we apply the Bayesian multivariate variable selection algorithm JAM to fine-map 84 prostate cancer susceptibility loci, using summary data from a large European ancestry meta-analysis. We observe evidence for multiple independent signals at 12 regions and 99 risk signals overall. Only 15 original GWAS tag SNPs remain among the catalogue of candidate variants identified; the remainder are replaced by more likely candidates. Biological annotation of our credible set of variants indicates significant enrichment within promoter and enhancer elements, and transcription factor-binding sites, including AR, ERG and FOXA1. In 40 regions at least one variant is colocalised with an eQTL in prostate cancer tissue. The refined set of candidate variants substantially increase the proportion of familial relative risk explained by these known susceptibility regions, which highlights the importance of fine-mapping studies and has implications for clinical risk profiling.

---

Contributing Institute(s):

1. C070 Klinische Epidemiologie und Alternf. (C070)
2. Präventive Onkologie (G110)
3. DKTK Heidelberg (L101)
4. C055 Genomische Epidemiologie (C055)

Research Program(s):

1. 313 - Cancer risk factors and prevention (POF3-313) (POF3-313)

Appears in the scientific report 2018

---

Database coverage:
; ; ; BIOSIS Previews ; Current Contents - Agriculture, Biology and Environmental Sciences ; Current Contents - Life Sciences ; Current Contents - Physical, Chemical and Earth Sciences ; DOAJ Seal ; IF >= 10 ; JCR ; NCBI Molecular Biology Database ; SCOPUS ; Science Citation Index ; Science Citation Index Expanded ; Thomson Reuters Master Journal List ; Web of Science Core Collection ; Zoological Record

---