Journal Article

DKFZ-2019-00032

http://join2-wiki.gsi.de/foswiki/pub/Main/Artwork/join2_logo100x88.png Discovery of common and rare genetic risk variants for colorectal cancer.

Huyghe, J. R. ; Bien, S. A. ; Harrison, T. A. ; Kang, H. M. ; Chen, S. ; Schmit, S. L. ; Conti, D. V. ; Qu, C. ; Jeon, J. ; Edlund, C. K. ; Greenside, P. ; Wainberg, M. ; Schumacher, F. R. ; Smith, J. D. ; Levine, D. M. ; Nelson, S. C. ; Sinnott-Armstrong, N. A. ; Albanes, D. ; Alonso, M. H. ; Anderson, K. ; Arnau-Collell, C. ; Arndt, V.DKFZ* ; Bamia, C. ; Banbury, B. L. ; Baron, J. A. ; Berndt, S. I. ; Bézieau, S. ; Bishop, D. T. ; Boehm, J. ; Boeing, H. ; Brenner, H.DKFZ* ; Brezina, S. ; Buch, S. ; Buchanan, D. D. ; Burnett-Hartman, A. ; Butterbach, K.DKFZ* ; Caan, B. J. ; Campbell, P. T. ; Carlson, C. S. ; Castellví-Bel, S. ; Chan, A. T. ; Chang-Claude, J.DKFZ* ; Chanock, S. J. ; Chirlaque, M.-D. ; Cho, S. H. ; Connolly, C. M. ; Cross, A. J. ; Cuk, K.DKFZ* ; Curtis, K. R. ; de la Chapelle, A. ; Doheny, K. F. ; Duggan, D. ; Easton, D. F. ; Elias, S. G. ; Elliott, F. ; English, D. R. ; Feskens, E. J. M. ; Figueiredo, J. C. ; Fischer, R. ; FitzGerald, L. M. ; Forman, D. ; Gala, M. ; Gallinger, S. ; Gauderman, W. J. ; Giles, G. G. ; Gillanders, E. ; Gong, J. ; Goodman, P. J. ; Grady, W. M. ; Grove, J. S. ; Gsur, A. ; Gunter, M. J. ; Haile, R. W. ; Hampe, J. ; Hampel, H. ; Harlid, S. ; Hayes, R. B. ; Hofer, P. ; Hoffmeister, M.DKFZ* ; Hopper, J. L. ; Hsu, W.-L. ; Huang, W.-Y. ; Hudson, T. J. ; Hunter, D. J. ; Ibañez-Sanz, G. ; Idos, G. E. ; Ingersoll, R. ; Jackson, R. D. ; Jacobs, E. J. ; Jenkins, M. A. ; Joshi, A. D. ; Joshu, C. E. ; Keku, T. O. ; Key, T. J. ; Kim, H. R. ; Kobayashi, E. ; Kolonel, L. N. ; Kooperberg, C. ; Kühn, T.DKFZ* ; Küry, S. ; Kweon, S.-S. ; Larsson, S. C. ; Laurie, C. A. ; Le Marchand, L. ; Leal, S. M. ; Lee, S. C. ; Lejbkowicz, F. ; Lemire, M. ; Li, C. I. ; Li, L. ; Lieb, W. ; Lin, Y. ; Lindblom, A. ; Lindor, N. M. ; Ling, H. ; Louie, T. L. ; Männistö, S. ; Markowitz, S. D. ; Martín, V. ; Masala, G. ; McNeil, C. E. ; Melas, M. ; Milne, R. L. ; Moreno, L. ; Murphy, N. ; Myte, R. ; Naccarati, A. ; Newcomb, P. A. ; Offit, K. ; Ogino, S. ; Onland-Moret, N. C. ; Pardini, B. ; Parfrey, P. S. ; Pearlman, R. ; Perduca, V. ; Pharoah, P. D. P. ; Pinchev, M. ; Platz, E. A. ; Prentice, R. L. ; Pugh, E. ; Raskin, L. ; Rennert, G. ; Rennert, H. S. ; Riboli, E. ; Rodríguez-Barranco, M. ; Romm, J. ; Sakoda, L. C. ; Schafmayer, C. ; Schoen, R. E. ; Seminara, D. ; Shah, M. ; Shelford, T. ; Shin, M.-H. ; Shulman, K. ; Sieri, S. ; Slattery, M. L. ; Southey, M. C. ; Stadler, Z. K. ; Stegmaier, C. ; Su, Y.-R. ; Tangen, C. M. ; Thibodeau, S. N. ; Thomas, D. C. ; Thomas, S. S. ; Toland, A. E. ; Trichopoulou, A. ; Ulrich, C. M. ; Van Den Berg, D. J. ; van Duijnhoven, F. J. B. ; Van Guelpen, B. ; van Kranen, H. ; Vijai, J. ; Visvanathan, K. ; Vodicka, P. ; Vodickova, L. ; Vymetalkova, V. ; Weigl, K.DKFZ* ; Weinstein, S. J. ; White, E. ; Win, A. K. ; Wolf, C. R. ; Wolk, A. ; Woods, M. O. ; Wu, A. H. ; Zaidi, S. H. ; Zanke, B. W. ; Zhang, Q. ; Zheng, W. ; Scacheri, P. C. ; Potter, J. D. ; Bassik, M. C. ; Kundaje, A. ; Casey, G. ; Moreno, V. ; Abecasis, G. R. ; Nickerson, D. A. ; Gruber, S. B. ; Hsu, L. ; Peters, U.

2019
Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature London

This record in other databases:  

Please use a persistent id in citations: doi:10.1038/s41588-018-0286-6

Abstract: To further dissect the genetic architecture of colorectal cancer (CRC), we performed whole-genome sequencing of 1,439 cases and 720 controls, imputed discovered sequence variants and Haplotype Reference Consortium panel variants into genome-wide association study data, and tested for association in 34,869 cases and 29,051 controls. Findings were followed up in an additional 23,262 cases and 38,296 controls. We discovered a strongly protective 0.3% frequency variant signal at CHD1. In a combined meta-analysis of 125,478 individuals, we identified 40 new independent signals at P < 5 × 10-8, bringing the number of known independent signals for CRC to ~100. New signals implicate lower-frequency variants, Krüppel-like factors, Hedgehog signaling, Hippo-YAP signaling, long noncoding RNAs and somatic drivers, and support a role for immune function. Heritability analyses suggest that CRC risk is highly polygenic, and larger, more comprehensive studies enabling rare variant analysis will improve understanding of biology underlying this risk and influence personalized screening strategies and drug development.

---

Contributing Institute(s):

1. Epidemiologie von Krebserkrankungen (C020)
2. Klinische Epidemiologie und Alternsforschung (C070)
3. Präventive Onkologie (C120)
4. DKTK Heidelberg (L101)

Research Program(s):

1. 313 - Cancer risk factors and prevention (POF3-313) (POF3-313)

Appears in the scientific report 2019

---

Database coverage:
; BIOSIS Previews ; Clarivate Analytics Master Journal List ; Current Contents - Life Sciences ; Ebsco Academic Search ; IF >= 25 ; JCR ; NCBI Molecular Biology Database ; Nationallizenz ; SCOPUS ; Science Citation Index ; Science Citation Index Expanded ; Web of Science Core Collection

---