Journal Article

DKFZ-2024-00888

http://join2-wiki.gsi.de/foswiki/pub/Main/Artwork/join2_logo100x88.png Fine-mapping analysis including over 254,000 East Asian and European descendants identifies 136 putative colorectal cancer susceptibility genes.

Chen, Z. ; Guo, X. ; Tao, R. ; Huyghe, J. R. ; Law, P. J. ; Fernandez-Rozadilla, C. ; Ping, J. ; Jia, G. ; Long, J. ; Li, C. ; Shen, Q. ; Xie, Y. ; Timofeeva, M. N. ; Thomas, M. ; Schmit, S. L. ; Díez-Obrero, V. ; Devall, M. ; Moratalla-Navarro, F. ; Fernandez-Tajes, J. ; Palles, C. ; Sherwood, K. ; Briggs, S. E. W. ; Svinti, V. ; Donnelly, K. ; Farrington, S. M. ; Blackmur, J. ; Vaughan-Shaw, P. G. ; Shu, X.-O. ; Lu, Y. ; Broderick, P. ; Studd, J. ; Harrison, T. A. ; Conti, D. V. ; Schumacher, F. R. ; Melas, M. ; Rennert, G. ; Obón-Santacana, M. ; Martín-Sánchez, V. ; Oh, J. H. ; Kim, J. ; Jee, S. H. ; Jung, K. J. ; Kweon, S.-S. ; Shin, M.-H. ; Shin, A. ; Ahn, Y.-O. ; Kim, D.-H. ; Oze, I. ; Wen, W. ; Matsuo, K. ; Matsuda, K. ; Tanikawa, C. ; Ren, Z. ; Gao, Y.-T. ; Jia, W.-H. ; Hopper, J. L. ; Jenkins, M. A. ; Win, A. K. ; Pai, R. K. ; Figueiredo, J. C. ; Haile, R. W. ; Gallinger, S. ; Woods, M. O. ; Newcomb, P. A. ; Duggan, D. ; Cheadle, J. P. ; Kaplan, R. ; Kerr, R. ; Kerr, D. ; Kirac, I. ; Böhm, J. ; Mecklin, J.-P. ; Jousilahti, P. ; Knekt, P. ; Aaltonen, L. A. ; Rissanen, H. ; Pukkala, E. ; Eriksson, J. G. ; Cajuso, T. ; Hänninen, U. ; Kondelin, J. ; Palin, K. ; Tanskanen, T. ; Renkonen-Sinisalo, L. ; Männistö, S. ; Albanes, D. ; Weinstein, S. J. ; Ruiz-Narvaez, E. ; Palmer, J. R. ; Buchanan, D. D. ; Platz, E. A. ; Visvanathan, K. ; Ulrich, C. M. ; Siegel, E. ; Brezina, S. ; Gsur, A. ; Campbell, P. T. ; Chang-Claude, J.DKFZ* ; Hoffmeister, M.DKFZ* ; Brenner, H.DKFZ* ; Slattery, M. L. ; Potter, J. D. ; Tsilidis, K. K. ; Schulze, M. B. ; Gunter, M. J. ; Murphy, N. ; Castells, A. ; Castellví-Bel, S. ; Moreira, L. ; Arndt, V.DKFZ* ; Shcherbina, A. ; Bishop, D. T. ; Giles, G. G. ; Southey, M. C. ; Idos, G. E. ; McDonnell, K. J. ; Abu-Ful, Z. ; Greenson, J. K. ; Shulman, K. ; Lejbkowicz, F. ; Offit, K. ; Su, Y.-R. ; Steinfelder, R. ; Keku, T. O. ; van Guelpen, B. ; Hudson, T. J. ; Hampel, H. ; Pearlman, R. ; Berndt, S. I. ; Hayes, R. B. ; Martinez, M. E. ; Thomas, S. S. ; Pharoah, P. D. P. ; Larsson, S. C. ; Yen, Y. ; Lenz, H.-J. ; White, E. ; Li, L. ; Doheny, K. F. ; Pugh, E. ; Shelford, T. ; Chan, A. T. ; Cruz-Correa, M. ; Lindblom, A. ; Hunter, D. J. ; Joshi, A. D. ; Schafmayer, C. ; Scacheri, P. C. ; Kundaje, A. ; Schoen, R. E. ; Hampe, J. ; Stadler, Z. K. ; Vodicka, P. ; Vodickova, L. ; Vymetalkova, V. ; Edlund, C. K. ; Gauderman, W. J. ; Shibata, D. ; Toland, A. ; Markowitz, S. ; Kim, A. ; Chanock, S. J. ; van Duijnhoven, F. ; Feskens, E. J. M. ; Sakoda, L. C. ; Gago-Dominguez, M. ; Wolk, A. ; Pardini, B. ; FitzGerald, L. M. ; Lee, S. C. ; Ogino, S. ; Bien, S. A. ; Kooperberg, C. ; Li, C. I. ; Lin, Y. ; Prentice, R. ; Qu, C. ; Bézieau, S. ; Yamaji, T. ; Sawada, N. ; Iwasaki, M. ; Le Marchand, L. ; Wu, A. H. ; Qu, C. ; McNeil, C. E. ; Coetzee, G. ; Hayward, C. ; Deary, I. J. ; Harris, S. E. ; Theodoratou, E. ; Reid, S. ; Walker, M. ; Ooi, L. Y. ; Lau, K. S. ; Zhao, H. ; Hsu, L. ; Cai, Q. ; Dunlop, M. G. ; Gruber, S. B. ; Houlston, R. S. ; Moreno, V. ; Casey, G. ; Peters, U. ; Tomlinson, I. ; Zheng, W.

2024
Nature Publishing Group UK [London]

This record in other databases:  

Please use a persistent id in citations: doi:10.1038/s41467-024-47399-x

Abstract: Genome-wide association studies (GWAS) have identified more than 200 common genetic variants independently associated with colorectal cancer (CRC) risk, but the causal variants and target genes are mostly unknown. We sought to fine-map all known CRC risk loci using GWAS data from 100,204 cases and 154,587 controls of East Asian and European ancestry. Our stepwise conditional analyses revealed 238 independent association signals of CRC risk, each with a set of credible causal variants (CCVs), of which 28 signals had a single CCV. Our cis-eQTL/mQTL and colocalization analyses using colorectal tissue-specific transcriptome and methylome data separately from 1299 and 321 individuals, along with functional genomic investigation, uncovered 136 putative CRC susceptibility genes, including 56 genes not previously reported. Analyses of single-cell RNA-seq data from colorectal tissues revealed 17 putative CRC susceptibility genes with distinct expression patterns in specific cell types. Analyses of whole exome sequencing data provided additional support for several target genes identified in this study as CRC susceptibility genes. Enrichment analyses of the 136 genes uncover pathways not previously linked to CRC risk. Our study substantially expanded association signals for CRC and provided additional insight into the biological mechanisms underlying CRC development.

Keyword(s): Humans (MeSH) ; Colorectal Neoplasms: genetics (MeSH) ; Genetic Predisposition to Disease (MeSH) ; Genome-Wide Association Study (MeSH) ; Asian People: genetics (MeSH) ; White People: genetics (MeSH) ; Polymorphism, Single Nucleotide (MeSH) ; Quantitative Trait Loci (MeSH) ; Exome Sequencing (MeSH) ; Case-Control Studies (MeSH) ; Transcriptome (MeSH) ; Chromosome Mapping (MeSH) ; Male (MeSH) ; Female (MeSH) ; East Asian People (MeSH)

---

Contributing Institute(s):

1. C070 Klinische Epidemiologie und Alternf. (C070)
2. C020 Epidemiologie von Krebs (C020)
3. Präventive Onkologie (C120)
4. DKTK HD zentral (HD01)
5. C071 Cancer Survivorship (C071)

Research Program(s):

1. 313 - Krebsrisikofaktoren und Prävention (POF4-313) (POF4-313)

Appears in the scientific report 2024

---

Database coverage:
; ; ; Article Processing Charges ; BIOSIS Previews ; Biological Abstracts ; Clarivate Analytics Master Journal List ; Current Contents - Agriculture, Biology and Environmental Sciences ; Current Contents - Life Sciences ; Current Contents - Physical, Chemical and Earth Sciences ; DOAJ Seal ; Essential Science Indicators ; Fees ; IF >= 15 ; JCR ; PubMed Central ; SCOPUS ; Science Citation Index Expanded ; Web of Science Core Collection ; Zoological Record

---