http://join2-wiki.gsi.de/foswiki/pub/Main/Artwork/join2_logo100x88.png
Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples.
Bailey, M. H. ; Meyerson, W. U. ; Dursi, L. J. ; Wang, L.-B. ; Dong, G. ; Liang, W.-W. ; Weerasinghe, A. ; Li, S. ; Kelso, S. ; Group, M. W. (Collaboration Author) ; group, P. n. s. m. c. m. w. (Collaboration Author) ; Saksena, G. ; Ellrott, K. ; Wendl, M. C. ; Wheeler, D. A. ; Getz, G. ; Simpson, J. T. ; Gerstein, M. B. ; Ding, L. ; Consortium, P. (Collaboration Author) ; Akbani, R. ; Anur, P. ; Bailey, M. H. ; Buchanan, A. ; Chiotti, K. ; Covington, K. ; Creason, A. ; Ding, L. ; Ellrott, K. ; Fan, Y. ; Foltz, S. ; Getz, G. ; Hale, W. ; Haussler, D. ; Hess, J. M. ; Hutter, C. M. ; Kandoth, C. ; Kasaian, K. ; Kasapi, M. ; Larson, D. ; Leshchiner, I. ; Letaw, J. ; Ma, S. ; McLellan, M. D. ; Men, Y. ; Mills, G. B. ; Niu, B. ; Peto, M. ; Radenbaugh, A. ; Reynolds, S. M. ; Saksena, G. ; Sofia, H. ; Stewart, C. ; Struck, A. J. ; Stuart, J. M. ; Wang, W. ; Weinstein, J. N. ; Wheeler, D. A. ; Wong, C. K. ; Xi, L. ; Ye, K. ; Bailey, M. H. ; Niu, B. ; Bieg, M.DKFZ* ; Boutros, P. C. ; Buchhalter, I.DKFZ* ; Butler, A. P. ; Chen, K. ; Chong, Z. ; Ding, L. ; Drechsel, O. ; Jonathan Dursi, L. ; Eils, R.DKFZ* ; Ellrott, K. ; Espiritu, S. M. G. ; Fan, Y. ; Fulton, R. S. ; Gao, S. ; Gelpi, J. L. L. ; Gerstein, M. B. ; Getz, G. ; Gonzalez, S. ; Gut, I. G. ; Hach, F. ; Heinold, M. C. ; Hess, J. M. ; Hinton, J. ; Hu, T. ; Huang, V. ; Huang, Y. ; Hutter, B.DKFZ* ; Jones, D. R. ; Jung, J. ; Jäger, N.DKFZ* ; Kim, H.-L. ; Kleinheinz, K. ; Kumar, S. ; Kumar, Y. ; Lalansingh, C. M. ; Leshchiner, I. ; Letunic, I. ; Livitz, D. ; Ma, E. Z. ; Maruvka, Y. E. ; Mashl, R. J. ; McLellan, M. D. ; Menzies, A. ; Milovanovic, A. ; Nielsen, M. M. ; Ossowski, S. ; Paramasivam, N. ; Pedersen, J. S. ; Perry, M. D. ; Puiggròs, M. ; Raine, K. M. ; Rheinbay, E. ; Royo, R. ; Sahinalp, S. C. ; Saksena, G. ; Sarrafi, I. ; Schlesner, M. ; Simpson, J. T. ; Stebbings, L. ; Stewart, C. ; Stobbe, M. D. ; Teague, J. W. ; Tiao, G. ; Torrents, D. ; Wala, J. A. ; Wang, J. ; Wang, W. ; Waszak, S. M. ; Weischenfeldt, J. ; Wendl, M. C. ; Werner, J. ; Wu, Z. ; Xue, H. ; Yakneen, S. ; Yamaguchi, T. N. ; Ye, K. ; Yellapantula, V. D. ; Yung, C. K. ; Zhang, J. ; Aaltonen, L. A. ; Abascal, F. ; Abeshouse, A. ; Aburatani, H. ; Adams, D. J. ; Agrawal, N. ; Ahn, K. S. ; Ahn, S.-M. ; Aikata, H. ; Akbani, R. ; Akdemir, K. C. ; Al-Ahmadie, H. ; Al-Sedairy, S. T. ; Al-Shahrour, F. ; Alawi, M. ; Albert, M. ; Aldape, K. ; Alexandrov, L. B. ; Ally, A. ; Alsop, K. ; Alvarez, E. G. ; Amary, F. ; Amin, S. B. ; Aminou, B. ; Ammerpohl, O. ; Anderson, M. J. ; Ang, Y. ; Antonello, D. ; Anur, P. ; Aparicio, S. ; Appelbaum, E. L. ; Arai, Y. ; Aretz, A. ; Arihiro, K. ; Ariizumi, S.-I. ; Armenia, J. ; Arnould, L. ; Asa, S. ; Assenov, Y. ; Atwal, G. ; Aukema, S. ; Auman, J. T. ; Aure, M. R. ; Awadalla, P. ; Aymerich, M. ; Bader, G. D. ; Baez-Ortega, A. ; Bailey, M. H. ; Bailey, P. J. ; Balasundaram, M. ; Balu, S. ; Bandopadhayay, P. ; Banks, R. E. ; Barbi, S. ; Barbour, A. P. ; Barenboim, J. ; Barnholtz-Sloan, J. ; Barr, H. ; Barrera, E. ; Bartlett, J. ; Bartolome, J. ; Bassi, C. ; Bathe, O. F. ; Baumhoer, D. ; Bavi, P. ; Baylin, S. B. ; Bazant, W. ; Beardsmore, D. ; Beck, T. A. ; Behjati, S. ; Behren, A. ; Niu, B. ; Bell, C. ; Beltran, S. ; Benz, C. ; Berchuck, A. ; Bergmann, A. K. ; Bergstrom, E. N. ; Berman, B. P. ; Berney, D. M. ; Bernhart, S. H. ; Beroukhim, R. ; Berrios, M. ; Bersani, S. ; Bertl, J. ; Betancourt, M. ; Bhandari, V. ; Bhosle, S. G. ; Biankin, A. V. ; Bieg, M.DKFZ* ; Bigner, D. ; Binder, H. ; Birney, E. ; Birrer, M. ; Biswas, N. K. ; Bjerkehagen, B. ; Bodenheimer, T. ; Boice, L. ; Bonizzato, G. ; De Bono, J. S. ; Boot, A. ; Bootwalla, M. S. ; Borg, A. ; Borkhardt, A. ; Boroevich, K. A. ; Borozan, I. ; Borst, C. ; Bosenberg, M. ; Bosio, M. ; Boultwood, J. ; Bourque, G. ; Boutros, P. C. ; Bova, G. S. ; Bowen, D. T. ; Bowlby, R. ; Bowtell, D. D. L. ; Boyault, S. ; Boyce, R. ; Boyd, J. ; Brazma, A. ; Brennan, P. ; Brewer, D. S. ; Brinkman, A. B. ; Bristow, R. G. ; Broaddus, R. R. ; Brock, J. E. ; Brock, M. ; Broeks, A. ; Brooks, A. N. ; Brooks, D. ; Brors, B.DKFZ* ; Brunak, S. ; Bruxner, T. J. C. ; Bruzos, A. L. ; Buchanan, A. ; Buchhalter, I.DKFZ* ; Buchholz, C. ; Bullman, S. ; Burke, H. ; Burkhardt, B. ; Burns, K. H. ; Busanovich, J. ; Bustamante, C. D. ; Butler, A. P. ; Butte, A. J. ; Byrne, N. J. ; Børresen-Dale, A.-L. ; Caesar-Johnson, S. J. ; Cafferkey, A. ; Cahill, D. ; Calabrese, C. ; Caldas, C. ; Calvo, F. ; Camacho, N. ; Campbell, P. J. ; Campo, E. ; Cantù, C. ; Cao, S. ; Carey, T. E. ; Carlevaro-Fita, J. ; Carlsen, R. ; Cataldo, I. ; Cazzola, M. ; Cebon, J. ; Cerfolio, R. ; Chadwick, D. E. ; Chakravarty, D. ; Chalmers, D. ; Chan, C. W. Y. ; Chan, K. ; Chan-Seng-Yue, M. ; Chandan, V. S. ; Chang, D. K. ; Chanock, S. J. ; Chantrill, L. A. ; Chateigner, A. ; Chatterjee, N. ; Chayama, K. ; Chen, H.-W. ; Chen, J. ; Chen, K. ; Chen, Y. ; Chen, Z. ; Cherniack, A. D. ; Chien, J. ; Chiew, Y.-E. ; Chin, S.-F. ; Cho, J. ; Cho, S. ; Choi, J. K. ; Choi, W. ; Chomienne, C. ; Chong, Z. ; Choo, S. P. ; Chou, A. ; Christ, A. N. ; Christie, E. L. ; Chuah, E. ; Cibulskis, C. ; Cibulskis, K. ; Cingarlini, S. ; Clapham, P. ; Claviez, A. ; Cleary, S. ; Cloonan, N. ; Cmero, M. ; Collins, C. C. ; Connor, A. A. ; Cooke, S. L. ; Cooper, C. S. ; Cope, L. ; Corbo, V. ; Cordes, M. G. ; Cordner, S. M. ; Cortés-Ciriano, I. ; Covington, K. ; Cowin, P. A. ; Craft, B. ; Craft, D. ; Creighton, C. J. ; Cun, Y. ; Curley, E. ; Cutcutache, I. ; Czajka, K. ; Czerniak, B. ; Dagg, R. A. ; Danilova, L. ; Davi, M. V. ; Davidson, N. R. ; Davies, H. ; Davis, I. J. ; Davis-Dusenbery, B. N. ; Dawson, K. J. ; De La Vega, F. M. ; De Paoli-Iseppi, R. ; Defreitas, T. ; Dei Tos, A. P. ; Delaneau, O. ; Demchok, J. A. ; Demeulemeester, J. ; Demidov, G. M. ; Demircioğlu, D. ; Dennis, N. M. ; Denroche, R. E. ; Dentro, S.Extern* ; Desai, N. ; Deshpande, V. ; Deshwar, A. G. ; Desmedt, C. ; Deu-Pons, J. ; Dhalla, N. ; Dhani, N. C. ; Dhingra, P. ; Dhir, R. ; DiBiase, A. ; Diamanti, K. ; Ding, L. ; Ding, S. ; Dinh, H. Q. ; Dirix, L. ; Doddapaneni, H. ; Donmez, N. ; Dow, M. T. ; Drapkin, R. ; Drechsel, O. ; Drews, R. M. ; Serge, S. ; Dudderidge, T. ; Dueso-Barroso, A. ; Dunford, A. J. ; Dunn, M. ; Jonathan Dursi, L. ; Duthie, F. R. ; Dutton-Regester, K. ; Eagles, J. ; Easton, D. F. ; Edmonds, S. ; Edwards, P. A. ; Edwards, S. E. ; Eeles, R. A. ; Ehinger, A. ; Eils, J. ; Eils, R.DKFZ* ; El-Naggar, A. ; Eldridge, M. ; Ellrott, K. ; Erkek, S. ; Escaramis, G. ; Espiritu, S. M. G. ; Estivill, X. ; Etemadmoghadam, D. ; Eyfjord, J. E. ; Faltas, B. M. ; Fan, D. ; Fan, Y. ; Faquin, W. C. ; Farcas, C. ; Fassan, M. ; Fatima, A. ; Favero, F. ; Fayzullaev, N. ; Felau, I. ; Fereday, S. ; Ferguson, M. L. ; Ferretti, V. ; Feuerbach, L.DKFZ* ; Field, M. A. ; Fink, J. L. ; Finocchiaro, G. ; Fisher, C. ; Fittall, M. W. ; Fitzgerald, A. ; Fitzgerald, R. C. ; Flanagan, A. M. ; Fleshner, N. E. ; Flicek, P. ; Foekens, J. A. ; Fong, K. M. ; Fonseca, N. A. ; Foster, C. S. ; Fox, N. S. ; Fraser, M. ; Frazer, S. ; Frenkel-Morgenstern, M. ; Friedman, W. ; Frigola, J. ; Fronick, C. C. ; Fujimoto, A. ; Fujita, M. ; Fukayama, M. ; Fulton, L. A. ; Fulton, R. S. ; Furuta, M. ; Futreal, P. A. ; Füllgrabe, A. ; Gabriel, S. B. ; Gallinger, S. ; Gambacorti-Passerini, C. ; Gao, J. ; Gao, S. ; Garraway, L. ; Garred, Ø. ; Garrison, E. ; Garsed, D. W. ; Gehlenborg, N. ; Gelpi, J. L. L. ; George, J. ; Gerhard, D. S. ; Gerhauser, C.DKFZ* ; Gershenwald, J. E. ; Gerstein, M. B. ; Gerstung, M.Extern* ; Getz, G. ; Ghori, M. ; Ghossein, R. ; Giama, N. H. ; Gibbs, R. A. ; Gill, A. J. ; Gill, P. ; Giri, D. D. ; Glodzik, D. ; Gnanapragasam, V. J. ; Goebler, M. E. ; Goldman, M. J. ; Gomez, C. ; Gonzalez, S. ; Gonzalez-Perez, A. ; Gordenin, D. A. ; Gossage, J. ; Gotoh, K. ; Govindan, R. ; Grabau, D. ; Graham, J. S. ; Grant, R. C. ; Green, A. R. ; Green, E. ; Greger, L. ; Grehan, N. ; Grimaldi, S. ; Grimmond, S. M. ; Grossman, R. L. ; Grundhoff, A. ; Gundem, G. ; Guo, Q. ; Gupta, M. ; Gupta, S. ; Gut, I. G. ; Gut, M. ; Göke, J. ; Ha, G. ; Haake, A. ; Haan, D. ; Haas, S. ; Haase, K. ; Haber, J. E. ; Habermann, N. ; Hach, F. ; Haider, S. ; Hama, N. ; Hamdy, F. C. ; Hamilton, A. ; Hamilton, M. P. ; Han, L. ; Hanna, G. B. ; Hansmann, M. ; Haradhvala, N. J. ; Harismendy, O. ; Harliwong, I. ; Harmanci, A. O. ; Harrington, E. ; Hasegawa, T. ; Haussler, D. ; Hawkins, S. ; Hayami, S. ; Hayashi, S. ; Hayes, D. N. ; Hayes, S. J. ; Hayward, N. K. ; Hazell, S. ; He, Y. ; Heath, A. P. ; Heath, S. C. ; Hedley, D. ; Hegde, A. M. ; Heiman, D. I. ; Heinold, M. C. ; Heins, Z. ; Heisler, L. E. ; Hellstrom-Lindberg, E. ; Helmy, M. ; Heo, S. G. ; Hepperla, A. J. ; Heredia-Genestar, J. M. ; Herrmann, C.DKFZ* ; Hersey, P. ; Hess, J. M. ; Hilmarsdottir, H. ; Hinton, J. ; Hirano, S. ; Hiraoka, N. ; Hoadley, K. A. ; Hobolth, A. ; Hodzic, E. ; Hoell, J. I. ; Hoffmann, S. ; Hofmann, O. ; Holbrook, A. ; Holik, A. Z. ; Hollingsworth, M. A. ; Holmes, O. ; Holt, R. A. ; Hong, C. ; Hong, E. P. ; Hong, J. H. ; Hooijer, G. K. ; Hornshøj, H. ; Hosoda, F. ; Hou, Y. ; Hovestadt, V. ; Howat, W. ; Hoyle, A. P. ; Hruban, R. H. ; Hu, J. ; Hu, T. ; Hua, X. ; Huang, K.-L. ; Huang, M. ; Huang, M. N. ; Huang, V. ; Huang, Y. ; Huber, W. ; Hudson, T. J. ; Hummel, M. ; Hung, J. A. ; Huntsman, D. ; Hupp, T. R. ; Huse, J. ; Huska, M. R. ; Hutter, B.DKFZ* ; Hutter, C. M. ; Hübschmann, D. ; Iacobuzio-Donahue, C. A. ; Imbusch, C. D. ; Imielinski, M. ; Imoto, S. ; Isaacs, W. B. ; Isaev, K. ; Ishikawa, S. ; Iskar, M. ; Islam, S. M. A. ; Ittmann, M. ; Ivkovic, S. ; Izarzugaza, J. M. G. ; Jacquemier, J. ; Jakrot, V. ; Jamieson, N. B. ; Jang, G. H. ; Jang, S. J. ; Jayaseelan, J. C. ; Jayasinghe, R. ; Jefferys, S. R. ; Jegalian, K. ; Jennings, J. L. ; Jeon, S.-H. ; Jerman, L. ; Ji, Y. ; Jiao, W. ; Johansson, P. A. ; Johns, A. L. ; Johns, J. ; Johnson, R. ; Johnson, T. A. ; Jolly, C. ; Joly, Y. ; Jonasson, J. G. ; Jones, C. D. ; Jones, D. R.DKFZ* ; Jones, D. T. W. ; Jones, N. ; Jones, S. J. M. ; Jonkers, J. ; Ju, Y. S. ; Juhl, H. ; Jung, J. ; Juul, M. ; Juul, R. I. ; Juul, S. ; Jäger, N.DKFZ* ; Kabbe, R.DKFZ* ; Kahles, A. ; Kahraman, A. ; Kaiser, V. B. ; Kakavand, H. ; Kalimuthu, S. ; von Kalle, C.DKFZ* ; Kang, K. J. ; Karaszi, K. ; Karlan, B. ; Karlić, R. ; Karsch, D. ; Kasaian, K. ; Kassahn, K. S. ; Katai, H. ; Kato, M. ; Katoh, H. ; Kawakami, Y. ; Kay, J. D. ; Kazakoff, S. H. ; Kazanov, M. D. ; Keays, M. ; Kebebew, E. ; Kefford, R. F. ; Kellis, M. ; Kench, J. G. ; Kennedy, C. J. ; Kerssemakers, J. N. A.DKFZ* ; Khoo, D. ; Khoo, V. ; Khuntikeo, N. ; Khurana, E. ; Kilpinen, H. ; Kim, H. K. ; Kim, H.-L. ; Kim, H.-Y. ; Kim, H. ; Kim, J. ; Kim, J. ; Kim, J. K. ; Kim, Y. ; King, T. A. ; Klapper, W. ; Kleinheinz, K.DKFZ* ; Klimczak, L. J. ; Knappskog, S. ; Kneba, M. ; Knoppers, B. M. ; Koh, Y. ; Komorowski, J. ; Komura, D. ; Komura, M. ; Kong, G. ; Kool, M.DKFZ* ; Korbel, J. O. ; Korchina, V. ; Korshunov, A.DKFZ* ; Koscher, M. ; Koster, R. ; Kote-Jarai, Z. ; Koures, A. ; Kovacevic, M. ; Kremeyer, B. ; Kretzmer, H. ; Kreuz, M. ; Krishnamurthy, S. ; Kube, D. ; Kumar, K. ; Kumar, P. ; Kumar, S. ; Kumar, Y. ; Kundra, R. ; Kübler, K. ; Küppers, R. ; Lagergren, J. ; Lai, P. H. ; Laird, P. W. ; Lakhani, S. R. ; Lalansingh, C. M. ; Lalonde, E. ; Lamaze, F. C. ; Lambert, A. ; Lander, E. ; Landgraf, P. ; Landoni, L. ; Langerød, A. ; Lanzós, A. ; Larsimont, D. ; Larsson, E. ; Lathrop, M. ; Lau, L. M. S. ; Lawerenz, C. ; Lawlor, R. T. ; Lawrence, M. S. ; Lazar, A. J. ; Le, X. ; Lee, D. ; Lee, D. ; Lee, E. A. ; Lee, H. J. ; Lee, J. J. ; Lee, J.-Y. ; Lee, J. ; Lee, M. T. M. ; Lee-Six, H. ; Lehmann, K.-V. ; Lehrach, H. ; Lenze, D. ; Leonard, C. R. ; Leongamornlert, D. A. ; Leshchiner, I. ; Letourneau, L. ; Letunic, I. ; Levine, D. A. ; Lewis, L. ; Ley, T. ; Li, C. ; Li, C. H. ; Li, H. I. ; Li, J. ; Li, L. ; Li, S. ; Li, S. ; Li, X. ; Li, X. ; Li, X. ; Li, Y. ; Liang, H. ; Liang, S.-B. ; Lichter, P.DKFZ* ; Lin, P. ; Lin, Z. ; Linehan, W. M. ; Lingjærde, O. C. ; Liu, D. ; Liu, E. M. ; Liu, F.-F. ; Liu, F. ; Liu, J. ; Liu, X. ; Livingstone, J. ; Livitz, D. ; Livni, N. ; Lochovsky, L. ; Loeffler, M. ; Long, G. V. ; Lopez-Guillermo, A. ; Lou, S. ; Louis, D. N. ; Lovat, L. B. ; Lu, Y. ; Lu, Y.-J. ; Lu, Y. ; Luchini, C. ; Lungu, I. ; Luo, X. ; Luxton, H. J. ; Lynch, A. G. ; Lype, L. ; López, C. ; López-Otín, C. ; Ma, E. Z. ; Ma, Y. ; MacGrogan, G. ; MacRae, S. ; Macintyre, G. ; Madsen, T. ; Maejima, K. ; Mafficini, A. ; Maglinte, D. T. ; Maitra, A. ; Majumder, P. P. ; Malcovati, L. ; Malikic, S. ; Malleo, G. ; Mann, G. J. ; Mantovani-Löffler, L. ; Marchal, K. ; Marchegiani, G. ; Mardis, E. R. ; Margolin, A. A. ; Marin, M. G. ; Markowetz, F. ; Markowski, J. ; Marks, J. ; Marques-Bonet, T. ; Marra, M. A. ; Marsden, L. ; Martens, J. W. M. ; Martin, S. ; Martin-Subero, J. I. ; Martincorena, I. ; Martinez-Fundichely, A. ; Maruvka, Y. E. ; Mashl, R. J. ; Massie, C. E. ; Matthew, T. J. ; Matthews, L. ; Mayer, E. ; Mayes, S. ; Mayo, M. ; Mbabaali, F. ; McCune, K. ; McDermott, U. ; McGillivray, P. D. ; McLellan, M. D. ; McPherson, J. D. ; McPherson, J. R. ; McPherson, T. A. ; Meier, S. R. ; Meng, A. ; Meng, S. ; Menzies, A. ; Merrett, N. D. ; Merson, S. ; Meyerson, M. ; Meyerson, W. U. ; Mieczkowski, P. A. ; Mihaiescu, G. L. ; Mijalkovic, S. ; Mijalkovic-Lazic, A. M. ; Mikkelsen, T. ; Milella, M. ; Mileshkin, L. ; Miller, C. A. ; Miller, D. K. ; Miller, J. K. ; Mills, G. B. ; Milovanovic, A. ; Minner, S. ; Miotto, M. ; Arnau, G. M. ; Mirabello, L. ; Mitchell, C. ; Mitchell, T. J. ; Miyano, S. ; Miyoshi, N. ; Mizuno, S. ; Molnár-Gábor, F. ; Moore, M. J. ; Moore, R. A. ; Morganella, S. ; Morris, Q. D. ; Morrison, C. ; Mose, L. E. ; Moser, C. D. ; Muiños, F. ; Mularoni, L. ; Mungall, A. J. ; Mungall, K. ; Musgrove, E. A. ; Mustonen, V. ; Mutch, D. ; Muyas, F. ; Muzny, D. M. ; Muñoz, A. ; Myers, J. ; Myklebost, O. ; Möller, P. ; Nagae, G. ; Nagrial, A. M. ; Nahal-Bose, H. K. ; Nakagama, H. ; Nakagawa, H. ; Nakamura, H. ; Nakamura, T. ; Nakano, K. ; Nandi, T. ; Nangalia, J. ; Nastic, M. ; Navarro, A. ; Navarro, F. C. P. ; Neal, D. E. ; Nettekoven, G. ; Newell, F. ; Newhouse, S. J. ; Newton, Y. ; Ng, A. W. T. ; Ng, A. ; Nicholson, J. ; Nicol, D. ; Nie, Y. ; Nielsen, G. P. ; Nielsen, M. M. ; Nik-Zainal, S. ; Noble, M. S. ; Nones, K. ; Northcott, P. A. ; Notta, F. ; O'Connor, B. D. ; O'Donnell, P. ; O'Donovan, M. ; O'Meara, S. ; O'Neill, B. P. ; O'Neill, J. R. ; Ocana, D. ; Ochoa, A. ; Oesper, L. ; Ogden, C. ; Ohdan, H. ; Ohi, K. ; Ohno-Machado, L. ; Oien, K. A. ; Ojesina, A. I. ; Ojima, H. ; Okusaka, T. ; Omberg, L. ; Ong, C. K. ; Ossowski, S. ; Ott, G. ; Ouellette, B. F. F. ; P'ng, C. ; Paczkowska, M. ; Paiella, S. ; Pairojkul, C. ; Pajic, M. ; Pan-Hammarström, Q. ; Papaemmanuil, E. ; Papatheodorou, I. ; Paramasivam, N.DKFZ* ; Park, J. W. ; Park, J.-W. ; Park, K. ; Park, K. ; Park, P. J. ; Parker, J. S. ; Parsons, S. L. ; Pass, H. ; Pasternack, D. ; Pastore, A. ; Patch, A.-M. ; Pauporté, I. ; Pea, A. ; Pearson, J. V. ; Pedamallu, C. S. ; Pedersen, J. S. ; Pederzoli, P. ; Peifer, M. ; Pennell, N. A. ; Perou, C. M. ; Perry, M. D. ; Petersen, G. M. ; Peto, M. ; Petrelli, N. ; Petryszak, R. ; Pfister, S. M.DKFZ* ; Phillips, M. ; Pich, O. ; Pickett, H. A. ; Pihl, T. D. ; Pillay, N. ; Pinder, S. ; Pinese, M. ; Pinho, A. V. ; Pitkänen, E. ; Pivot, X. ; Piñeiro-Yáñez, E. ; Planko, L. ; Plass, C.DKFZ* ; Polak, P. ; Pons, T. ; Popescu, I. ; Potapova, O. ; Prasad, A. ; Preston, S. R. ; Prinz, M. ; Pritchard, A. L. ; Prokopec, S. D. ; Provenzano, E. ; Puente, X. S. ; Puig, S. ; Puiggròs, M. ; Pulido-Tamayo, S. ; Pupo, G. M. ; Purdie, C. A. ; Quinn, M. C. ; Rabionet, R. ; Rader, J. S. ; Radlwimmer, B.DKFZ* ; Radovic, P. ; Raeder, B. ; Raine, K. M. ; Ramakrishna, M. ; Ramakrishnan, K. ; Ramalingam, S. ; Raphael, B. J. ; Rathmell, W. K. ; Rausch, T. ; Reifenberger, G. ; Reimand, J. ; Reis-Filho, J. ; Reuter, V. ; Reyes-Salazar, I. ; Reyna, M. A. ; Reynolds, S. M. ; Rheinbay, E. ; Riazalhosseini, Y. ; Richardson, A. L. ; Richter, J. ; Ringel, M. ; Ringnér, M. ; Rino, Y. ; Rippe, K.DKFZ* ; Roach, J. ; Roberts, L. R. ; Roberts, N. D. ; Roberts, S. A. ; Robertson, A. G. ; Robertson, A. J. ; Rodriguez, J. B. ; Rodriguez-Martin, B. ; Rodríguez-González, F. G. ; Roehrl, M. H. A. ; Rohde, M. ; Rokutan, H. ; Romieu, G. ; Rooman, I. ; Roques, T. ; Rosebrock, D. ; Rosenberg, M. ; Rosenstiel, P. C. ; Rosenwald, A. ; Rowe, E. W. ; Royo, R. ; Rozen, S. G. ; Rubanova, Y. ; Rubin, M. A. ; Rubio-Perez, C. ; Rudneva, V. A. ; Rusev, B. C. ; Ruzzenente, A. ; Rätsch, G. ; Sabarinathan, R. ; Sabelnykova, V. Y. ; Sadeghi, S. ; Sahinalp, S. C. ; Saini, N. ; Saito-Adachi, M. ; Saksena, G. ; Salcedo, A. ; Salgado, R. ; Salichos, L. ; Sallari, R. ; Saller, C. ; Salvia, R. ; Sam, M. ; Samra, J. S. ; Sanchez-Vega, F. ; Sander, C. ; Sanders, G. ; Sarin, R. ; Sarrafi, I. ; Sasaki-Oku, A. ; Sauer, T. ; Sauter, G. ; Saw, R. P. M. ; Scardoni, M. ; Scarlett, C. J. ; Scarpa, A. ; Scelo, G. ; Schadendorf, D. ; Schein, J. E. ; Schilhabel, M. B. ; Schlesner, M.DKFZ* ; Schlomm, T. ; Schmidt, H. K. ; Schramm, S.-J. ; Schreiber, S. ; Schultz, N. ; Schumacher, S. E. ; Schwarz, R. F.DKFZ* ; Scolyer, R. A. ; Scott, D. ; Scully, R. ; Seethala, R. ; Segre, A. V. ; Selander, I. ; Semple, C. A. ; Senbabaoglu, Y. ; Sengupta, S. ; Sereni, E. ; Serra, S. ; Sgroi, D. C. ; Shackleton, M. ; Shah, N. C. ; Shahabi, S. ; Shang, C. A. ; Shang, P. ; Shapira, O. ; Shelton, T. ; Shen, C. ; Shen, H. ; Shepherd, R. ; Shi, R. ; Shi, Y. ; Shiah, Y.-J. ; Shibata, T. ; Shih, J. ; Shimizu, E. ; Shimizu, K. ; Shin, S. J. ; Shiraishi, Y. ; Shmaya, T. ; Shmulevich, I. ; Shorser, S. I. ; Short, C. ; Shrestha, R. ; Shringarpure, S. S. ; Shriver, C. ; Shuai, S. ; Sidiropoulos, N. ; Siebert, R. ; Sieuwerts, A. M. ; Sieverling, L.DKFZ* ; Signoretti, S. ; Sikora, K. O. ; Simbolo, M. ; Simon, R. ; Simons, J. V. ; Simpson, J. T. ; Simpson, P. T. ; Singer, S. ; Sinnott-Armstrong, N. ; Sipahimalani, P. ; Skelly, T. J. ; Smid, M. ; Smith, J. ; Smith-McCune, K. ; Socci, N. D. ; Sofia, H. J. ; Soloway, M. G. ; Song, L. ; Sood, A. K. ; Sothi, S. ; Sotiriou, C. ; Soulette, C. M. ; Span, P. N. ; Spellman, P. T. ; Sperandio, N. ; Spillane, A. J. ; Spiro, O. ; Spring, J. ; Staaf, J. ; Stadler, P. F. ; Staib, P. ; Stark, S. G. ; Stebbings, L. ; Stefánsson, Ó. A. ; Stegle, O.DKFZ* ; Stein, L. D. ; Stenhouse, A. ; Stewart, C. ; Stilgenbauer, S. ; Stobbe, M. D. ; Stratton, M. R. ; Stretch, J. R. ; Struck, A. J. ; Stuart, J. M. ; Stunnenberg, H. G. ; Su, H. ; Su, X. ; Sun, R. X. ; Sungalee, S. ; Susak, H.DKFZ* ; Suzuki, A. ; Sweep, F. ; Szczepanowski, M. ; Sültmann, H.DKFZ* ; Yugawa, T. ; Tam, A. ; Tamborero, D. ; Tan, B. K. T. ; Tan, D. ; Tan, P. ; Tanaka, H. ; Taniguchi, H. ; Tanskanen, T. J. ; Tarabichi, M. ; Tarnuzzer, R. ; Tarpey, P. ; Taschuk, M. L. ; Tatsuno, K. ; Tavaré, S. ; Taylor, D. F. ; Taylor-Weiner, A. ; Teague, J. W. ; Teh, B. T. ; Tembe, V. ; Temes, J. ; Thai, K. ; Thayer, S. P. ; Thiessen, N. ; Thomas, G. ; Thomas, S. ; Thompson, A. ; Thompson, A. M. ; Thompson, J. F. ; Thompson, R. H. ; Thorne, H. ; Thorne, L. B. ; Thorogood, A. ; Tiao, G. ; Tijanic, N. ; Timms, L. E. ; Tirabosco, R. ; Tojo, M. ; Tommasi, S. ; Toon, C. W. ; Toprak, U. H.DKFZ* ; Torrents, D. ; Tortora, G. ; Tost, J. ; Totoki, Y. ; Townend, D. ; Traficante, N. ; Treilleux, I. ; Trotta, J.-R. ; Trümper, L. H. P. ; Tsao, M. ; Tsunoda, T. ; Tubio, J. M. C. ; Tucker, O. ; Turkington, R. ; Turner, D. J. ; Tutt, A. ; Ueno, M. ; Ueno, N. T. ; Umbricht, C. ; Umer, H. M. ; Underwood, T. J. ; Urban, L. ; Urushidate, T. ; Ushiku, T. ; Uusküla-Reimand, L. ; Valencia, A. ; Van Den Berg, D. J. ; Van Laere, S. ; Van Loo, P. ; Van Meir, E. G. ; Van den Eynden, G. G. ; Van der Kwast, T. ; Vasudev, N. ; Vazquez, M. ; Vedururu, R. ; Veluvolu, U. ; Vembu, S. ; Verbeke, L. P. C. ; Vermeulen, P. ; Verrill, C. ; Viari, A. ; Vicente, D. ; Vicentini, C. ; Raghavan, K. V. ; Viksna, J. ; Vilain, R. E. ; Villasante, I. ; Vincent-Salomon, A. ; Visakorpi, T. ; Voet, D. ; Vyas, P. ; Vázquez-García, I. ; Waddell, N. M. ; Waddell, N. ; Wadelius, C. ; Wadi, L. ; Wagener, R. ; Wala, J. A. ; Wang, J. ; Wang, J. ; Wang, L. ; Wang, Q. ; Wang, W. ; Wang, Y. ; Wang, Z. ; Waring, P. M. ; Warnatz, H.-J. ; Warrell, J. ; Warren, A. Y. ; Waszak, S. M.DKFZ* ; Wedge, D. C. ; Weichenhan, D.DKFZ* ; Weinberger, P. ; Weinstein, J. N. ; Weischenfeldt, J.DKFZ* ; Weisenberger, D. J. ; Welch, I. ; Wendl, M. C. ; Werner, J.DKFZ* ; Whalley, J. P. ; Wheeler, D. A. ; Whitaker, H. C. ; Wigle, D. ; Wilkerson, M. D. ; Williams, A. ; Wilmott, J. S. ; Wilson, G. W. ; Wilson, J. M. ; Wilson, R. K. ; Winterhoff, B. ; Wintersinger, J. A. ; Wiznerowicz, M. ; Wolf, S. ; Wong, B. H. ; Wong, T. ; Wong, W. ; Woo, Y. ; Wood, S. ; Wouters, B. G. ; Wright, A. J. ; Wright, D. W. ; Wright, M. H. ; Wu, C.-L. ; Wu, D.-Y. ; Wu, G. ; Wu, J. ; Wu, K. ; Wu, Y. ; Wu, Z. ; Xi, L. ; Xia, T. ; Xiang, Q. ; Xiao, X. ; Xing, R. ; Xiong, H. ; Xu, Q. ; Xu, Y. ; Xue, H. ; Yachida, S. ; Yakneen, S. ; Yamaguchi, R. ; Yamaguchi, T. N. ; Yamamoto, M. ; Yamamoto, S. ; Yamaue, H. ; Yang, F. ; Yang, H. ; Yang, J. Y. ; Yang, L. ; Yang, L. ; Yang, S. ; Yang, T.-P. ; Yang, Y. ; Yao, X. ; Yaspo, M.-L. ; Yates, L. ; Yau, C. ; Ye, C. ; Ye, K. ; Yellapantula, V. D. ; Yoon, C. J. ; Yoon, S.-S. ; Yousif, F. ; Yu, J. ; Yu, K. ; Yu, W. ; Yu, Y. ; Yuan, K. ; Yuan, Y. ; Yuen, D. ; Yugawa, T. ; Yung, C. K. ; Zaikova, O. ; Zamora, J. ; Zapatka, M.DKFZ* ; Zenklusen, J. C. ; Zenz, T. ; Zeps, N. ; Zhang, C.-Z. ; Zhang, F. ; Zhang, H. ; Zhang, H. ; Zhang, H. ; Zhang, J. ; Zhang, J. ; Zhang, J. ; Zhang, X. ; Zhang, X. ; Zhang, Y. ; Zhang, Z. ; Zhao, Z. ; Zheng, L. ; Zheng, X. ; Zhou, W. ; Zhou, Y. ; Zhu, B. ; Zhu, H. ; Zhu, J. ; Zhu, S. ; Zou, L. ; Zou, X. ; deFazio, A. ; van As, N. ; van Deurzen, C. H. M. ; van de Vijver, M. J. ; Van't Veer, L. ; von Mering, C.
2020
Nature Publishing Group UK
[London]
This record in other databases: 
Please use a persistent id in citations: doi:10.1038/s41467-020-18151-y
Abstract: The Cancer Genome Atlas (TCGA) and International Cancer Genome Consortium (ICGC) curated consensus somatic mutation calls using whole exome sequencing (WES) and whole genome sequencing (WGS), respectively. Here, as part of the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, which aggregated whole genome sequencing data from 2,658 cancers across 38 tumour types, we compare WES and WGS side-by-side from 746 TCGA samples, finding that ~80% of mutations overlap in covered exonic regions. We estimate that low variant allele fraction (VAF < 15%) and clonal heterogeneity contribute up to 68% of private WGS mutations and 71% of private WES mutations. We observe that ~30% of private WGS mutations trace to mutations identified by a single variant caller in WES consensus efforts. WGS captures both ~50% more variation in exonic regions and un-observed mutations in loci with variable GC-content. Together, our analysis highlights technological divergences between two reproducible somatic variant detection efforts.
Keyword(s): Base Composition (MeSH) ; DNA, Intergenic (MeSH) ; Databases, Genetic (MeSH) ; Exome: genetics (MeSH) ; Exons (MeSH) ; Genome, Human: genetics (MeSH) ; Humans (MeSH) ; Mutation (MeSH) ; Neoplasms: genetics (MeSH) ; Retrospective Studies (MeSH) ; Whole Exome Sequencing (MeSH) ; Whole Genome Sequencing (MeSH) ; DNA, Intergenic
Contributing Institute(s):
- Theoretische Bioinformatik (B080)
- DKTK HD zentral (HD01)
- Bioinformatik und Omics Data Analytics (B240)
- Epigenomik (B370)
- Angewandte Bioinformatik (B330)
- B060 Molekulare Genetik (B060)
- B062 Pädiatrische Neuroonkologie (B062)
- Pediatric Glioma (B360)
- B087 Neuroblastom Genomik (B087)
- Translationale Medizinische Onkologie (B340)
- Hochdurchsatz-Sequenzierung (W190)
- B063 Krebsgenomforschung (B063)
- DKTK BE zentral (BE01)
- B066 Chromatin-Netzwerke (B066)
- W610 Omics IT and Data Management (W610)
- B260 Bioinformatik der Genomik und Systemgenetik (B260)
- KKE Neuropathologie (B300)
Research Program(s):
- 312 - Functional and structural genomics (POF3-312) (POF3-312)
Appears in the scientific report
2020
Database coverage: ;
;
; Article Processing Charges ; BIOSIS Previews ; Biological Abstracts ; Clarivate Analytics Master Journal List ; Current Contents - Agriculture, Biology and Environmental Sciences ; Current Contents - Life Sciences ; Current Contents - Physical, Chemical and Earth Sciences ; DOAJ Seal ; Essential Science Indicators ; Fees ; IF >= 10 ; JCR ; PubMed Central ; SCOPUS ; Science Citation Index Expanded ; Web of Science Core Collection ; Zoological Record
guest ::
